本人在以下环境亲测有效：CentOS and Ubuntu Linux 64 Bit.
下面涉及到的路径需要根据自己的电脑来修改。

1. 下载软件BLAST:

在以下网址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下载:
ncbi-blast-2.5.0+-x64-linux.tar.gz （根据自己的操作系统选择）。

2. 解压:

解压后放在任意目录下都可以，把相应路径加入PATH变量就是。
比如解压到用户的主目录(/home/yonpen)下，把解压后的文件夹重新命名为blast，则BLAST+的所有程序在目录/home/yonpen/blast/bin下。

3. 添加环境变量:

打开终端（Terminal）， 执行:

  vim  ~/.profile                        
  or 
  vim  ~/.bashrc                  

在最末尾添加：

export PATH=/home/yonpen/blast/bin:$PATH                           

保存退出。（环境变量的值由Blast所在路径决定。）

此处若成功，注销以后执行blastn -version会出现版本信息（一定要先注销或重启电脑）。

4. 新建:

在目录/home/yonpen/blast下新建一个文件夹，命名为db 。
在/home/yonpen下新建一个文件，命名为.ncbirc 。（文件名是以点号开头的）
在文件中添加内容：

[BLAST]

BLASTDB=/home/yonpen/blast/db

5. 下载FASTA格式的数据库:

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/
如下载nr.gz。

6. 建立BLAST+可用的数据库:

打开终端（Terminal），切换到/home/yonpen/blast/db目录下，执行（以蛋白质库nr为例）：

  makeblastdb  –in nr  -parse_seqids  -hash_index  -dbtype prot  

(最好自己输入，复制这行命令可能不行，不知道为什么)

7. 使用:

如使用psiblast
在目录/home/yonpen/blast下新建3个文件夹，分别命名为pssm,input,output。
设待查询序列所在文件的名字为a.fasta（一个文件放一条序列，且必须为fasta格式）
执行命令：

   psiblast  -comp_based_stats 1  -evalue 0.001  -num_iterations 3  -db nr   -query input/a.fasta  -out output/a.txt  -out_ascii_pssm pssm/a.pssm